福建理工大学的王牌专业包括：
1. 机械设计制造及其自动化
2. 电气工程及其自动化
3. 土木工程
4. 工程管理
5. 车辆工程
6. 材料科学与工程
7. 通信工程
8. 计算机科学与技术
9. 给排水科学与工程
10. 城乡规划
11. 材料成型及控制工程
12. 软件工程
这些专业在学科建设、师资力量、实践教学、校企合作等方面具有较强的优势和实力，是学校的重点建设和发展的专业。
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